Yüksek Lisans programı; tarih, siyaset, jeopolitik, güvenlik ve uluslararası ilişkiler dersleri üzerinden modern döneme odaklanmaktadır. Bununla birlikte, disiplinlerarası bakış açısını geliştirmek adına öğrencilere Ortadoğu’da kültür ve toplum, din, coğrafya ve antropoloji hususlarında dersler de sunulmaktadır. Ortadoğu dillerinden birini (Arapça, Farsça, seçmeli olmak üzere Osmanlıca) öğrenmek isteyen öğrenciler için dil dersleri verilmektedir.